航空各社は、ロシア極東地域と日本を結ぶ路線の運航を、チャーター便として継続している。
ロシア航空局は、3月23日午前0時から、ロシアと海外を結ぶフライトの運航可能路線を限定すると発表しており、日本路線は東京〜モスクワ線に限り、運航を認めるとしていた。例外として、国民が退避するためのチャーター便の運航は認めている。
在ハバロフスク日本国総領事館にほると、現段階で、全日本空輸(ANA)のウラジオストク発東京/成田行きは3月27日・30日、S7航空のウラジオストク発東京/成田行きは4月9日まで運航することがわかっている。オーロラ航空もウラジオストク・ユジノサハリンスク発東京/成田行きを運航している。利用は、ロシア発は日本人、日本発はロシア人のみに限定している。