e-BOXER用のFB20には、スターターモーターに加えてISG(インテグレーテッド・スターター・ジェネレーター)がつく。通常の始動はスターターが行ない、アイドルストップやEV走行からのエンジン始動は、ISGが行なう。セルスターターのようなギヤの噛み合いがないのに加え、高い回転数が使えるから、静かかつ滑らかに再始動できる。こちらは、12V駆動で、サプライヤーは三菱電機だ。
FB25ともっとも違うのはEGRシステムだ。FB25が3番気筒からの排気を貫流させるのに対して、FB20は、1-4番気筒の排気管が酒豪してから取り出して吸気に戻すシステムをとる。こうすることで、排気の脈動による影響を受けにくくしている。